Étouffer les épidémies dans l'œuf
La science a le potentiel d'étouffer dans l'œuf les futures épidémies, affirme Tanja Stadler. Il faut toutefois une meilleure collaboration entre les scientifiques et les autorités.
Nous, les humains, ne sommes pas les seuls à avoir un code génétique qui peut être décodé et analysé, les agents pathogènes comme les virus et les bactéries en ont également un. Depuis la propagation de la pandémie de VIH dans les années 1990, la science s'intéresse au décodage du plan de construction des agents pathogènes et, dès le début, les analyses mathématiques des séquences génétiques ont joué un rôle central.
A l'aide de procédés mathématiques, il est possible d'examiner qui pourrait avoir été infecté par le VIH et par qui. Plus les séquences génétiques de deux échantillons sont similaires, plus la probabilité que les deux personnes correspondantes se soient infectées mutuellement est élevée. Très tôt, de telles analyses ont été utilisées dans des procès où des personnes ont été accusées d'avoir délibérément contaminé d'autres personnes avec le VIH.1.
Cinq infirmières bulgares et un médecin palestinien sont devenus tragiquement célèbres après avoir été condamnés à mort en Libye pour avoir prétendument contaminé intentionnellement des centaines d'enfants avec le VIH. L'analyse des informations génétiques a toutefois montré que les enfants étaient déjà infectés par le VIH bien avant l'arrivée des infirmières.2. En 2007, les personnes condamnées ont été libérées.
Suivre les voies de transmission d'un agent pathogène
Ces dernières années, les méthodes d'analyse ont considérablement évolué. Il existe de nouvelles technologies révolutionnaires qui permettent de déterminer rapidement et à moindre coût la séquence d'ADN de très nombreux échantillons. Grâce à la technologie de séquençage Minion, dont les appareils tiennent littéralement dans la paume de la main, il est par exemple possible de séquencer les agents pathogènes sur place en cas d'épidémie dans un pays en développement. L'exportation d'échantillons sanguins au-delà des frontières nationales, qui s'accompagne de nombreux obstacles logistiques et juridiques, n'est plus nécessaire.
Les méthodes mathématiques et statistiques sont également de plus en plus rapides et fiables. Avec mon groupe, je travaille dans ce domaine. Avec d'autres scientifiques, nous continuons à développer le logiciel Beast, qui permet d'analyser et d'interpréter les données de séquences. Nous nous engageons en outre à familiariser les scientifiques avec l'utilisation du logiciel. Nous avons ainsi lancé des ateliers internationaux annuels.3,Dans ces cas, nous enseignons l'utilisation du logiciel.
Grâce aux progrès réalisés, il est aujourd'hui possible non seulement d'examiner les transmissions potentielles individuelles d'un agent pathogène - comme on le fait par exemple dans les procédures judiciaires - mais aussi de suivre les voies de transmission d'un agent pathogène dans tout un groupe de population. Les analyses et simulations correspondantes permettent également d'évaluer l'effet de mesures de politique sanitaire telles que la fermeture des frontières ou l'arrêt du trafic aérien.
Conditions préalables à l'analyse en temps réel
Déjà pendant l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest dans les années 2013-20164 et la récente épidémie de Zika en Amérique du Sud.5 la technologie Minion et le logiciel Beast ont été utilisés. Toutefois, l'interaction entre les participants ne fonctionnait pas encore sans heurts et les processus n'étaient pas encore rodés. C'est pourquoi les analyses ont pris un certain temps.
"L'Organisation mondiale de la santé devrait soutenir les scientifiques de manière non bureaucratique".Tanja Stadler
Toutefois, si toutes les parties prenantes collaborent, des analyses en temps réel seraient possibles. L'Organisation mondiale de la santé devrait apporter un soutien non bureaucratique aux scientifiques pour la collecte des données de séquençage, et les données collectées devraient être immédiatement mises à la disposition de tous les scientifiques pour utilisation. Les scientifiques devraient également communiquer directement leurs résultats aux autorités sanitaires, qui pourraient alors prendre des mesures pour endiguer l'épidémie.
Dans le thriller hollywoodien "Contagion", les scientifiques et les autorités mettent beaucoup de temps à venir à bout d'un agent pathogène mortel qui se propage rapidement dans le monde entier. En revanche, avec de bonnes analyses mathématiques en temps réel et des mesures rapidement prises et déduites de ces analyses, nous pourrons à l'avenir, espérons-le, étouffer les épidémies dans l'œuf avant qu'elles ne se transforment en pandémie.