Des mesures qui portent leurs fruits

Les mesures prises par le conseiller fédéral pour endiguer la pandémie portent leurs fruits dans toute la Suisse : avant que des fermetures d'écoles ne soient décidées le 13 mars et que la "situation extraordinaire" ne soit déclarée le 16 mars avec de nouvelles mesures de distanciation sociale, une personne infectée par le nouveau coronavirus en a contaminé en moyenne deux à trois autres. Les cas de maladie ont donc augmenté de manière exponentielle. Depuis l'entrée en vigueur des mesures, une personne n'en contamine plus qu'une autre en moyenne. C'est ce que montre un calcul effectué par une équipe dirigée par Tanja Stadler, professeure au Département des systèmes biologiques de l'ETH Zurich à Bâle.

"La situation est stable depuis que nous avons pris des mesures. Nous avons définitivement fortement freiné la propagation", explique la professeure de l'ETH. "L'analyse ne permet pas de déterminer quelles mesures de lutte concrètes ont contribué à la stabilisation de la situation.

Une image uniforme en Suisse

En épidémiologie, le nombre de personnes qu'une personne infectée contamine est appelé chiffre de reproduction. Les chercheurs de l'ETH ont calculé ce nombre à partir des nouvelles infections par le Sras-CoV-2 (personnes dont l'infection est confirmée) que les cantons communiquent quotidiennement. Outre une évaluation à l'échelle nationale, les scientifiques ont également analysé les données au niveau cantonal pour dix des onze cantons les plus touchés par l'épidémie. Le constat est le même partout : avec l'entrée en vigueur des mesures, le nombre de reproduction est tombé à un.

Jérémie Sciré, doctorant dans le groupe de Stadler et premier auteur de l'étude, fait remarquer que les chiffres de nouvelles infections utilisés pour le calcul pourraient être entachés d'erreurs. En effet, les kits de test et les cotons-tiges sont rares en Suisse et il n'est pas exclu qu'au cours de l'épidémie, certains centres de dépistage aient parfois testé l'agent pathogène exclusivement sur les patients à risque et parfois aussi sur d'autres personnes. Une telle modification de la pratique de dépistage fausserait le calcul.

Les résultats sont probants

Pour cette raison, les scientifiques ont calculé le nombre de reproduction de deux autres manières, moins sujettes aux erreurs. Pour une évaluation à l'échelle nationale, ils ont utilisé les décès déclarés, et pour une évaluation des cantons de Bâle-Ville et Bâle-Campagne, le nombre d'admissions à l'hôpital. "Dans la situation actuelle, où tous les patients atteints de la maladie de Corona peuvent être hospitalisés dans la région de Bâle, les admissions sont un indicateur fiable, il n'y a pas de chiffre noir", explique Stadler. Les décès déclarés devraient également être un indicateur fiable.

Une comparaison des différentes méthodes de calcul a montré qu'elles donnaient toutes des résultats similaires. "Nous pouvons donc faire confiance à nos calculs basés sur les nouvelles contaminations", explique Stadler. Elle et ses collègues, notamment de l'ETH Zurich, de l'Université de Bâle et de l'Hôpital universitaire de Bâle, ont soumis l'étude pour publication sur le serveur Preprint Medrxiv. La publication est attendue dans quelques jours. L'étude n'a pas encore passé le processus d'évaluation scientifique.

Trop tôt pour un assouplissement

Les données sont-elles suffisamment encourageantes pour que l'on puisse envisager un assouplissement des mesures de distanciation sociale ? "Il est trop tôt pour cela", précise Stadler. Le fait que la situation soit actuellement stable est certes positif, par exemple pour les hôpitaux et leur planification des capacités. Tant que la situation reste ainsi, les hôpitaux savent qu'ils auront besoin à l'avenir d'autant de capacités pour les admissions qu'actuellement.

L'épidémie n'est toutefois pas endiguée pour autant. "Si nous levions rapidement les mesures prises, nous devons nous attendre à ce que le virus se propage à nouveau immédiatement de manière exponentielle", explique Stadler. Les mesures actuelles ne pourront être levées et remplacées que lorsque le pic de l'épidémie sera nettement dépassé. Un chiffre de reproduction nettement inférieur à la valeur un en serait l'indice.

"Contact tracing" prometteur avec une application

Il serait alors envisageable de remplacer les mesures radicales actuelles par un suivi efficace des personnes qui ont été en contact avec des personnes infectées ("Contact tracing") et, sur cette base, d'isoler aussi bien les personnes infectées que leurs contacts testés positifs. "Pour que cela fonctionne, le suivi doit être très rapide. Une application avec alerte par SMS, dont on discute actuellement, le permettrait", explique Stadler. Mais le suivi et l'isolement ne seraient prometteurs que pour un petit nombre de malades. "Si l'on remplaçait maintenant les mesures actuelles par le traçage des contacts et l'isolement, je crains que beaucoup d'entre nous ne reçoivent un SMS en l'espace de quelques jours parce que nous nous sommes trouvés à proximité d'une personne infectée".

Le 20 mars, le conseiller fédéral a de nouveau renforcé les mesures et a décidé qu'un maximum de cinq personnes pouvaient se rencontrer à une distance raisonnable. Il est encore trop tôt pour savoir si ce durcissement suffira à endiguer l'épidémie. "Nous le verrons dans les prochains jours", déclare Stadler. Elle et ses collègues poursuivront l'évaluation au fur et à mesure.

 

Complément du 21.04.2020

Les évaluations mathématiques de données comme celles-ci reposent sur certaines hypothèses. Dans les évaluations présentées ci-dessus, les chercheurs ont par exemple supposé de manière simplifiée qu'il s'est toujours écoulé dix jours entre l'apparition des premiers symptômes et un résultat de test confirmé - tout en sachant que cette durée peut en réalité varier fortement d'un patient à l'autre.

Entre-temps, les scientifiques ont effectué des calculs plus élaborés dans lesquels ils ont intégré cette variabilité. Ils peuvent ainsi non seulement déterminer une tendance grossière dans la variation du nombre de reproducteurs, comme c'était le cas jusqu'à présent, mais aussi déterminer plus précisément dans le temps la diminution du nombre de reproducteurs. Les résultats actualisés et des informations supplémentaires (en anglais) sont ici à trouver.

Les principaux résultats restent les mêmes avec la nouvelle évaluation : l'indice de reproduction a déjà baissé avant le 13 mars. Les nouveaux résultats montrent toutefois que jusqu'au 13 mars, le nombre de reproduction était significativement supérieur à 1. Cela signifie que les cas de maladie ont augmenté de manière exponentielle jusqu'à cette date. Avec le renforcement des mesures de lutte, l'indice de reproduction a continué à baisser, comme le montraient déjà les analyses ci-dessus, et il s'est finalement stabilisé à une valeur inférieure à 1 au cours des dernières semaines, ce qui signifie que l'épidémie est en train de se résorber.

Tant les résultats présentés ci-dessus que les nouveaux résultats indiquent d'ailleurs l'état de l'épidémie le jour en question, et ils reflètent les nouvelles contaminations survenues ce jour-là. La différence totale de temps entre la contamination et un résultat de test confirmé (y compris la période d'incubation) est déjà prise en compte dans les calculs.